Durante su viaje, el capitán EO y su tripulación descubren un planeta feliz en el que se enfrentan por el Líder Supremo y sus fuerzas de las tinieblas. Usando el poder de la música, la danza y la luz para llenar el planeta y el teatro con todos los matices del arco iris, la tripulación de la igualdad de oportunidades convierte la tierra en blanco y negro en un mundo mágico de color y alegría.
El vídeo cuenta cómo Michael Jackson, convertido en Captain EO, con la particular tripulación de su nave descubren un planeta sin color y se enfrentan a su líder y a sus fuerzas de la oscuridad. Entre sus personajes nos encontramos a Hooter, un pequeño elefante verde que estornuda notas musicales por su trompa; Fuzzball, un mono espacial naranja con alas de mariposa; Geex, con dos pies izquierdos, uno derecho y dos cabezas peludas; Major Domo, con un traje plateado que se convierte en una batería; y Minor Domocon, con el pecho morado brillante que se torna en sintetizador electrónico.
Para su enfrentamiento utilizan el poder de la música, el baile y la luz con los que llenan el planeta y el teatro con todos los colores del arco iris y transforman el oscuro planeta.
Lo interesante y atractivo de este corto es que cuenta con la actuación del cantante Michael Jackson, que cumple el papel protagonista de Capitán EO. Son alrededor de 20 minutos aventura, magia y música. Se utilizaron para la película las canciones Another Part Of Me y We are here to change the world.
En en año 1986 Disney pensó en una nueva atracción para su futurista ultra-tecnológico parque temático "Epcot Center" en Disney World Orlando, nada más y nada menos que una sala de cine en 3D.
Disney se pone manos a la obra y produce un minirodaje con Michael Jackson, "Capitan EO", para ser reproducido en los parques Disney. Así nació Captain EO, un ambicioso e innovador proyecto, con tecnología de última generación para la época y efectos visuales nunca antes vistos dirigido por Francis Ford Coppola.